La cuisson du fonio est simple : à la manière du riz ou de la quinoa, le fonio se cuit facilement à l'eau. Dans une casserole, pour un volume de fonio ajouter 2 volumes et demi d'eau et un peu de sel . Faire bouillir, puis laisser cuire à petit feu, très doux, 7 à 10 minutes.
Remuer vers la fin à la fourchette pour bien aérer et casser les éventuelles petites mottes et obtenir l'effet "couscous". La cuisson à petit feu est très importante pour garder une bonne souplesse du grain.
Goutez pour apprécier la cuisson. Au besoin laisser couvert quelques minutes de plus.
